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<승소사례> 부가세부과처분취소소송에서 승소
작성자 : 류제모 ㅣ 조회수 : 364

센터구축비용 전액을 비과세대상사업의 매입세액으로 보는 것은 위법하다. 

- 부가세부과처분취소소송에서 승소 

 

사실관계  

  A연구원은 산업기술혁신촉진법에 따라 설립된 전문생산기술연구소인데, 관할세무서는 2011. 11. ~ 12. A연구원에 대한 부가가치세 환급 실태조사를 2차에 걸쳐 실시한 후, 위 조사결과에 따라 A연구원에 약 16억원의 부가가치세 부과처분을 하였습니다. 관할세무서는 A연구원이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자로 판단하고 이에 따라 A연구원에 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 제61조 제1항을 적용한 후, A연구원 센터구축비용 전액과 A 연구원이 국가로부터 수령한 보조금을 비과세사업부분에 대한 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 않음으로써 결과적으로 A연구원이 부담해야 할 세액보다 16억원이 많은 부가가치세 부과처분을 하게 된 것이었습니다.

 

  이에 A연구원은 위 부가가치세 과세처분에 관한 취소소송을 저희 법인에 의뢰하였고, 저희 법인은 A연구원을 대리하여 관할세무서의 위 과세처분이 실지과세의 원칙이 어긋난다는 이유로 대구지방법원에 부가가치세 과세처분을 취소해 달라는 소송을 제기하였습니다.  

 

소송의 쟁점 및 판결 요지  

 

 부가가치세법에 따르면 부가가치세의 과세표준은 매출세액에서 매입세액을 공제함으로써 산정되는데, 매입세액이 비과세사업에 관한 것이라면 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없고 매입세액이 비과세사업과 과세사업에 공통으로 관련된 것이라면 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 제61조 제1항에 따라서 해당 매입세액 중 공제대상이 되지 않는 부분을 산정하여 해당부분을 공제대상에서 제외하여야 합니다.  

 

  이 사건은 A연구원 센터구축비용과 A 연구원이 국가로부터 수령한 보조금이 비과세사업의 매입세액으로서 부가가치세 과세표준을 산정함에 있어 공제하여야 할 매입세액에 포함되는지 여부가 주된 쟁점이었고, 그 전제로 A연구원이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것인지, 아니면 하나의 과세대상 사업을 진행하는 것인지 여부가 문제되었습니다. 

 

  A연구원을 대리한 저희 법인은 A연구원은 하나의 과세대상 사업을 영위하고 있으므로 구 부가가치세법 제61조 제1항의 적용대상이 아니고, 보조금은 비과세대상사업의 매입세액으로 볼 수 없으며, 센터구축비용은 그 전액이 아니라 일부만이 비과세대상 사업의 매입세액이라는 주장을 하였습니다. 

 

  이에 대하여 대법원은 A연구원은 비과세 및 과세사업을 겸영하는 사업자에 해당한다고 하여 저희 법인의 첫 번째 주장은 배척하였으나, 보조금은 비과세 대상사업의 매입세액이 아니고, 센터구축비용 전액을 비과세대상사업의 매입세액으로 보아 공제하지 않은 것은 위법하다고 판단하여 원고승소판결을 선고하였습니다. 

 

  이에 따라 A연구원은 제3심인 대법원의 최종확정판결에 따라 위법한 과세처분의 취소에 따른 환급금 16억원 및 이에 대한 지연손해금을 합하여 총 18억여원을 관할세무소로부터 반환받게 되었습니다. 

 

법무법인 우리하나로  

053-756-4600 

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